Las obras incluidas en un repositorio deben cumplir con las leyes vigentes sobre los derechos que los creadores tienen de su obra. Se consideran dos tipos de derechos: morales y patrimoniales. Los derechos morales son permanentes, irrenunciables, inexpropiables y no prescriben. Los derechos patrimoniales o de copyright son económicos, transferibles y de duración limitada en el tiempo. Los derechos patrimoniales, generalmente, son de explotación. Este derecho, suele cederse a terceros mediante la firma de un contrato. La cesión total o parcial de este derecho puede ser de cuatro tipos: reproducción, distribución, comunicación pública y transformación. Las instituciones académicas tienen que articular las condiciones legales de los repositorios contemplando los derechos de explotación, de depósito y de acceso a los contenidos. Estos aspectos pueden estar afectados por las cesiones de derechos de explotación que los investigadores han aceptado en los contratos editoriales.
Muchos autores ceden todos los derechos a las editoriales que publican sus trabajos. Esto significa que éste pierde la propiedad de explotación hasta la conclusión del contrato firmado (excepcionalmente el autor podría utilizarlo con fines didácticos o para uso personal). Las consecuencias de esta cesión exclusiva son múltiples y afectan de modo considerable a la publicación, distribución y usos de los trabajos. Hay opciones contractuales alternativas a la cesión exclusiva, como son la cesión parcial (en la que se establecen unos derechos para el autor y otros -como la publicación o la distribución-, para el editor) o la no cesión (en la que el autor retiene el copyright pero otorga al editor el permiso, mediante licencia, para publicar la obra).
Entre las diferentes alternativas a la cesión total y exclusiva de los derechos de explotación de una obra se encuentran las siguientes:
Publicación en revistas de acceso abierto (un listado exhaustivo se encuentra en DOAJ).
Publicación en revistas de suscripción que permiten el auto-archivo en repositorios abiertos.
Publicación en revistas de suscripción que no exigen una cesión exclusiva.
Enmienda de la licencia del editor.
Optar por una licencia alternativa (por ejemplo Creative Commons, Open Data Commons14).
